Ciclosporiasis

Se basa principalmente en la identificación microscópica de los ooquistes en las muestras de heces. Los ooquistes se pueden diseminar en pequeña cantidad durante la infección, y para establecer el diagnóstico es necesario concentrar las muestras de heces y obtener varias muestras. 

En las tinciones de Ziehl-Neelsen modificada o de Kinyoun, los microorganismos son variables respecto a la tinción ácido-alcohol, y estas técnicas son mejores que el examen de rutina sin montar, que requiere ser un especialista para identificar el organismo. Por tanto, si se sospecha una ciclosporiasis, es recomendable avisar al laboratorio para que se efectúen las pruebas apropiadas. Si está disponible, la detección de los ooquistes con autofluorescencia bajo un microscopio con epifluorescencia violeta es un método rápido y sensible, aunque no específico. Pueden usarse otras tinciones, como auramina, safranina y el azul algodón de lactofenol. Los ooquistes no se identifican con tinción de Giemsa o de tricrómico. 

Se han desarrollado métodos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real específicos de especie, que son capaces de detectar concentraciones bajas de los ooquistes en heces .Aunque este tipo de pruebas es más sensible que los métodos convencionales. Como método alternativo para el diagnóstico se ha propuesto la citometría de flujo. Se pueden detectar anticuerpos frente a Cyclospora, pero las pruebas serológicas no se han comercializado aún. 

El diagnóstico también puede establecerse mediante el estudio histopatológico o con el microscopio electrónico de los aspirados del yeyuno o en las muestras de biopsia. Los hallazgos endoscópicos pueden ser acordes con la normalidad o mostrar inflamación. El examen microscópico de los tejidos muestra que la arquitectura histológica del intestino delgado está alterada, con pérdida del borde en cepillo y alteración de la morfología de las células epiteliales . Se observa atrofia de las vellosidades, inflamación crónica y aguda de la lámina propia y dilatación vascular. La tinción de rutina del material de la biopsia con hematoxilina y eosina no siempre permite que se vean los organismos de forma adecuada. En los cortes de los tejidos se pueden ver Cyclospora en una situación supranuclear del citoplasma, lo que los distingue de Cryptosporidia, que se encuentran en la superficie de los enterocitos.